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面向壓縮生物基因數(shù)據(jù)的查詢方法

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  隨著下一代、第三代等測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展,DNA等生物序列數(shù)據(jù)快速增長.如何高效地處理這些大數(shù)據(jù)是目前所面臨的一個(gè)挑戰(zhàn).研究發(fā)現(xiàn),這些生物序列數(shù)據(jù)盡管很大,但是不同數(shù)據(jù)之間具有很高的相似性.因此可以通過保存這些基因串同一個(gè)基準(zhǔn)序列之間的差異來減少存儲(chǔ)的代價(jià).最新的研究發(fā)現(xiàn),可以在這些壓縮的數(shù)據(jù)上直接進(jìn)行查詢,而不需要解壓縮.研究的目標(biāo)是進(jìn)一步提高索引和查詢的可伸縮性,從而滿足日益增長的大數(shù)據(jù)需要.首先在現(xiàn)有方法的基礎(chǔ)上,對(duì)基準(zhǔn)序列進(jìn)行了壓縮存儲(chǔ),基于該壓縮數(shù)據(jù),提出了一系列優(yōu)化查詢方法以高效地支持任意長度序列的精確和近似查詢.在此基礎(chǔ)上,進(jìn)一步對(duì)原有方法進(jìn)行改進(jìn),利用并行計(jì)算來提高對(duì)大數(shù)據(jù)的查詢效率.最后,實(shí)驗(yàn)研究展示了所提方法的高效性.

面向壓縮生物基因數(shù)據(jù)的高效的查詢方法

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